米国向けコンテナ貨物を検査するために、米国税関職員を当該貨物の輸出港（海外）に派遣し、外国の税関と協力してマニフェストなどを参考にリスクの高いコンテナを特定し、テロを未然に防ごうというものです。日本には、東京・横浜・名古屋・神戸の４港に米国税関職員が派遣されています。また、相互主義の観点より、わが国の税関職員もロサンゼルス・ロングビーチなどに派遣され、協力してハイリスクなコンテナを特定する作業を行なっています。

米国向け貨物について船積みの24時間前までに、船会社・NVOCCなどが、マニフェストの情報を米国の通関システム（ACE: Automated Commercial Environment）を通じて提出するものです。

さらに、「10＋2ルール（後述）」の導入により、24時間ルールで得た積み地側の貨物情報と、輸入者が米国で提出する貨物情報をCBPでは照合することが可能になりました。

今日の国際物流は、製造・輸送・保管などがシームレスに繋がっていますが、C-TPATは、これらのサプライチェーンに関係する米国在住企業（船会社、通関業者、倉庫会社、輸入者など）同士が、サプライチェーンのセキュリティを強化するための「コンプライアンス プログラム」を策定し、協定書を作成し誓約書と共にCBPに提出する制度です。

C-TPATのプログラムに参加する企業は、輸入時の検査率が減じられ、検査が優先的に実施されるなどのメリットが与えられます。本制度は、米国内企業に限らず、輸出側である米国外のAEO認定事業者と相互承認をするという特色があります。例えば、2008年8月に日本のAEO制度とC-TPATは相互承認を行い、日本の米国向け輸出業者がAEO業者である場合、米国での輸入通関時に貨物の検査率が減じられ、またC-TPATによる実地調査が行われる際に内容が簡素化されるなどの優遇措置が講じられるようになりました。

ハイリスクな貨物を本船入港前に発見し、米国内に持ち込むことを防ぐ目的で、前出の24時間ルールで求める貨物情報に加え、米国の輸入者に10項目、船会社に2項目の追加情報を求めるもので、正式にはISF（Importer Security Filings & Additional Carrier Requirement）と呼びます。情報は自動通関システム（ACE：Automated Commercial Environment, AMSやABIなどを統合したシステム）によりCBPに提出し、対象はコンテナ貨物に限られています。

また、仕向け地が米国以外でも、いったん米国諸港で借揚げされ、第三国へ船積みされるTransship貨物についても、一定の内容の情報の提供が必要です。