貿易商社及び関連団体が主体となり、日本の貿易に関する民間の中枢機関として、1947年に財団法人日本貿易会（現 一般社団法人 日本貿易会）が設立されました。2012年現在、貿易商社44社、220の各種産業団体が正会員として加盟しています。同会は、商社の単なる親睦団体ではなく、貿易を通じて国際社会の発展と日本経済の繁栄に寄与することを目標に幅広い活動を展開しています。とりわけ日本の貿易をめぐる諸問題に対して業界の意見を取りまとめ、政府および関係機関に政策提言を行い、政府と意見交換を行うことに力を注いでいます。

1974年に設立され、2009年に解散しました。

戦後一貫して成長を続けていた日本の製造業者や商社などの輸出貨物の荷主にとって、外航船社との関係は、ビジネスパートナーであると同時に海運同盟の下に結束するかれらとの対決の歴史でもありました。外航海運会社は海運同盟のルールの下で、お互い協調して配船や運賃を取り決め、市場をコントロールして来ました。1970年代に入ると、わが国は変動為替相場制に移行すると同時に急激な円高に見舞われ、外航船社はカレンシーサーチャージ（通貨課徴金）を導入し荷主から実質的に上乗せ運賃を徴収し、その後発生した石油ショックによる燃料油の高騰を機にバンカー・サーチャージ（燃料油課徴金）などを導入し、これらの相次ぐ課徴金の導入は、荷主にとって大きな負担増となりました。

これらの外航船社の動き、そして背後にある海運同盟に対しては、個別の荷主による対抗には限界があるとの考えから、大手の荷主の間に外航海運会社並びに海運同盟と団結して交渉する協議機関創設の機運が高まりました。1974年に通商産業省（現経済産業省）の指導を受けながら、国際輸送の合理化と適正化、荷主利益の保護を図るため、社団法人日本荷主協会が設立され、公正取引委員会に対し、業界団体として届け出を行いました。

設立後は、協会メンバーが頻繁に協議を行い、一方的な運賃値上げを牽制し抑制することに努め、徐々に外航海運会社と主要な問題について話し合いを行う道筋が付きました。その後、1984年に改正された米国新海事法は、荷主にとって最大の足枷であった二重運賃制（一手積み契約）を禁止したことから海運同盟に加盟する意義が薄れ、さらに2008年には、EU（欧州連合）が欧州同盟の外航船社間協定を競争法（独禁法）の適用除外を廃止したことから、1884年から続いた日本/欧州同盟（JEFC）は長い歴史の幕を閉じ解散しました。このような歴史の流れによって日本荷主協会は、設立当時からの最大課題であった海運同盟との対峙という目的がなくなり、2009年に35年の歴史の幕を閉じました。